オムレツなど卵を材質・材料としてみるか、卵が別の物に変化しているものとして見るかで、少し表現が違うようです。
An omelet is made of eggs.
オムレツは卵でできている。
An omelet is made from eggs.
オムレツは卵でできている。
オムレツの素材・原料が卵であると考え
「made of」を使うか、
卵という物体がオムレツという別の物に生まれ変わったとみて
「made from」と考えるか、これはどちらでも可能です。
このあたりネイティブスピーカーでも解釈がわかれるようでグレーな感じです。
いろいろなネイティブスピーカーに質問するとさらに新しい発見があるかもしれません。